تسلم الخلافة بعد اطاحة الثوار بحكم عثمان فوجد الاوضاع متردية بشكل عام الى ابعد حد وعلى اثر ذلك وضع خطة اصلاحية شاملة اول بنودها القضاء على الفساد المالي اذ اتخذ منذ ايامه الاولى قرارات صارمة في هذا الشأن اهمها:
1-عزل جميع العمال والولاة الفاسدين:
واستبدالهم باخرين تم اختيارهم وفق معايير الكفاءة والخبرة , والالتزام الديني والخلقي اذ منح الامام هذا المحور اهمية بالغة لأنه لا قوام للدولة بجهاز فاسد لذا فور توليه الخلافة عزل ولاة عثمان الذين جيروا السلطة لمنافعهم حتى طغى عليهم وعلى من يعود لهم – سيما العوائل الاموية – ثراء فاحش جراء اختلاساتهم من بيت المال . ومن ابرز من تم عزله معاوية، رغم ما أُشير على الامام ع من ضرورة التريث في ذلك خشية تمردهم لكنه ابى معلنا ان لا مداهنة على حساب المبادئ واقوات الناس.
2- تأميم الاموال المختلسة:
اصدر الامام عليه السلام قراره الحاسم بتأميم الاموال التي نهبتها الحكومات السابقة فصادر قطائع عثمان لذوي قرباه من الامويين التي استأثروا بها من بيت مال المسلمين واصدر مرسوما في ذلك جاء فيه: «ألا إن كل قطيعة أقطعها عثمان، وكل مال أعطاه من مال الله، فهو مردود في بيت المال، فإن الحق القديم لا يبطله شيء، ولو وجدته قد تزوج به النساء، وفُرِّق في البلدان لرددته إلى حاله، فإن في العدل سعة، ومن ضاق عليه الحق فالجور عليه أضيق» وهذا اشد ما افزع الامويين واقضَّ مضاجعهم .
3- مراقبة ومحاسبة الولاة:
عمل الامام عليه السلام على اخضاع العمال والولاة للمراقبة والمتابعة السرية والعلنية وتفعيل اجراءات المحاسبة والمعاقبة للمسيئين بمختلف العقوبات وفي مقدمتها عقوبة العزل عن الوظيفة، اذ كان ع يتحرى امر ولاته ويرسل خلفهم من يتفقد صنيعهم حتى ان حضور احدهم لوليمة قوم لا يجلس عليها الفقراء ما كان ليخفى على الامام عليه السلام فما اسرع ان صار يقرع الوالي على صنيعه ! كان ع يقول في شأن الولاة: " من استعمل خائنا فان محمدا ص بريء منه في الدنيا والاخرة " حتى انه سلام الله عليه اذا شعر برغبة احدهم بالولاية حبا للدنيا حال بينه وبينها كما حصل لطلحة والزبير بعد ان طلباها .
4- المساواة في العطاء:
فبعد ان كانت مرتبات حاشية السلطة وقريش عامة والامويين خاصة مرتبات باهضة اصدر الامام قراره بمساواتهم مع سائر الناس فعندما ولَّى بيت مال المدينة عمَّارَ بن ياسر وأَبا الهيثم بن التَّيِّهَان كَتب إليهما: العربيُّ والقرشيُّ والأَنصاريُّ والعجميُّ وكُلُّ من في الإسلام منْ قبائلِ العرب وأَجناس العجم سواء " وعندما طالبوه بامتيازاتهم قال: " «إني قرأت ما بين دفتي المصحف، فلم أجد فيه لبني إسماعيل على بني إسحاق فضلاً»
5- مواساة الناس:
بل كان ادنى الناس نفقة على نفسه دون ان يؤثر ذلك على مكانته كخليفة !، خليفة اكتفى من دنياه بطمرين و قرصين خشية ان يكون في اطراف مملكته من لا يملك القوت والثياب ! وهذا التطبيق العملي سيكون له مردود ايجابي على جميع اجهزة الدولة لانه يكشف عن مدى ايمان خليفتهم بمبادئه
6- الصرامة في تطبيق القانون:
فالفساد المالي فرع خواء القانون يقول عليه السلام لاحد ولاته: "اخفض للرعية جناحك وابسط لهم وجهك ... وآسِ بينهم في اللحظة والنظرة والاشارة والتحية حتى لا يطمع العظماء في حيفك ولا ييأس الضعفاء من عدلك "
7- تثقيف الجماهير:
حركة الاصلاح لن تستقيم بصلاح شخص الحاكم ما لم تكن من خلفه امة واعية ؛ هذا ما يدركه الامام عليه السلام اكثر من غيره لذا اولى عناية فائقة في تثقيف الناس جاعلا من جامع الكوفة معهدا علميا يثريه بمحاضراته وخطبه التي جسد نهج البلاغة رشفة من بحرها وقد قيل فيه انه كلام فوق كلام المخلوق دون كلام الخالق.