بأنواع مختلفة من مواد التعقيم والتنظيف يجهز قسم تنقية المياه والصناعات الكيمياوية في العتبة العلوية المقدسة الأقسام والشعب الخدمية عبر انتاجها بشكل محلي.
ويتضمن القسم عبر شعبه الـ 4 وهي شعبة تنقية المياه، وشعبة محطات الماء، وشعبة تصنيع منظومات تحلية المياه، وشعبة المنظفات، وشعبة المختبر، وتعمل فيها العشرات من الكوادر الفنية والهندسية المتخصصة.
وتتولى شعبة محطات المياه في القسم مهام صيانة خزانات المياه بمختلف أحجامها وسعاتها لضمان وصول الصالحة للشرب الى الزائرين ومفاصل العتبة المقدسة الأخرى.
وأدخل القسم حديثاً خطاً صناعياً لإنتاج علب المنظفات بطاقة إنتاجية تصل الى (500) علبة مختلفة الأحجام في الساعة الواحدة.
وينتج القسم أنواعاً مختلفة من المنظفات والمعقمات ذات الجودة العالية، وساهمت في سد حاجة أقسام وشعب العتبة العلوية المقدسة، وسد حاجة السوق المحلية، وهو ما ساهم باستقرار اسعار مواد التعقيم والتنظيف، وفقاً لرئيس القسم المهندس فاضل الطباطبائي.
وتتولى شعبة تنقية المياه مهام إيصال الصالحة للشرب الى الزائرين عبر المناهل المنتشرة في محيط الصحن العلوي المطهر وداخله، وتجهيز مراوح الرذاذ، ومنظومات التبريد المتنقلة، وتجهيز المياه في المدينة القديمة عبر المناهل الثابتة التابعة للقسم، والعمل على التجهيز المجاني لجميع النقاط الأمنية والمواكب الحسينية بشكل مجاني وعلى مار الساعة.
وجهزت شعبة تصنيع منظومات تحلية المياه العديد من المستشفيات والدوائر الرسمية والأقسام الخدمية في العتبة العلوية المقدسة بمحطات لتحلية المياه من تصنيعها.
ويتولى القسم تجهيز المياه النقية للمواكب الحسينية ومواقع الضيافة في الزيارات المليونية.